Село было основано в 1780 году татарами-переселенцами из Спасского уезда Казанской губернии (по другим данным в 1785 году). Селение Малые Чапурники состоит из  крещеных и некрещеных татар,  первые переселились в 1780 г. из Казанской губернии Спасского уезда  разных поселений. Сначала их было не более 80 душ муж. пола. Приход их принадлежит к причту Больших Чапурников. Некрещеные же татары  переселились из  Пензенской губернии Ломовского уезда  в числе 65 душ  муж. пола  около 1778 г. и имеют свою мечеть и муллу. 

По данным Астраханского статкомитета 1877 г. село основано в 7 верстах от р. Волги в конце 18 столетия татарами из деревни Кикиной Чембарского уезда. По записанному преданию первые переселенцы нашли на этом месте много птицы – цапли или чапуры от чего и место назвали Чапурники. (Труды Астраханского статкомитета. Выпуск  5. 1877).

Из  документов Астраханской казенной палаты видно, что  Чапурники сначала значились как одно село. В 1803 г. под селением Чапурники находилось 21 десятин 100 сажень, 5630 дес. удобной и 1990 дес.  неудобной земли. На 19 мая 1806 г. здесь значилось 181 душ казенных малороссиян, новокрещенных (татар) 93, татар мусульман 55 душ. По 8 народной переписи в ревизских сказках 1816 г. и 1835 г. значатся уже два села – Большие и Малые Чапурники. В Малых Чапурниках в 1816 г. проживало 29 семей (100 душ муж. и 92 душ женского пола), податель сказки – Ямбай Адельшин (Ф. 687. Оп. 1а. Д. 29. Св. 19), а в 1835 г. уже 71 семья, 267 м. и 255 ж (В 1835 г. в М. Чапурниках проживали семьи Сергеева, Андреева, Семенова, Степанова, Петрова, Шарипова, Адельшина, Сулейманова, Григорьева, Архипова, Токтаева, Богдалова, Вельшина, Абушеева, Муртараева, Юсупова, Абдразанова, Резакова, Кадыршина, Керимова, Надыршина, Давыдова, Бакаева, Керимова, Амирова, Бахтемирова, Абузярова, Михайлова, Кондратьева, Ильина, Федотова, Терентьева, Калмыкова, Константинова, Дмитриева, Прокофьева, Козьмина и других.).

В конце XIX века здесь было 282 двора (1819 человек) мусульман и 30 семей православных. В 1831 году в Малых Чапурниках была построена деревянная мечеть на деньги общества, открыта школа на 100 учащихся (мальчиков).

В 1830 г. стала заметна холодность крещеных татар к христианской вере.  В 1837 г. Астраханская духовная консистория поручила местному священнику выяснить причины их вероотступничества и по возможности убедить их жить по христианской вере. 13 мая 1846 г. некоторые крещеные татары с. Малых Чапурников подали прошение к шефу корпуса жандармов генерал-адъютанту   Его Императорского Величества графу Алексею Орлову о переходе из христианства в мусульманство. Они  писали, что хотя предки их и были обращены в православную веру, но не исполняли христианских обрядов.  Сами же они, не получив о ней никакого понятия, держатся магометанства, а местное начальство преследует их за это. Прошение чапурниковских татар через канцелярию Государя наследника цесаревича было передано в Министерство государственных имуществ и началось долгое разбирательство, о чем свидетельствует архивное дело Астраханской палаты госимуществ «Об уклонении выкрещенных из татар д. Малые Чапурники Черноярского уезда от исполнения обрядов православной веры и о ходатайстве их об оставлении а исламизме». Из документов видно, что Астраханская духовная консистория употребила все доступные средства для убеждения крещеных татар остаться в лоне православной церкви.  В с. Малые Чапурники были посланы миссионеры Черноярский протоиерей Василий Павлинов и священник с. Каменный Яра Федор Орлов. 

Вероотступничество чапурниковских татар-христиан  подтолкнуло местные власти обратить особое внимание  на образование и духовное просвещение крестьянских детей.    Деревня Чапурники принадлежала к Райгородской волости и располагалась в 25 верстах от волостного центра Райгородок, где существовало приходское училище. Но никто из крещеных татар детей своих туда не отдавал. (Ф. 794. Оп. 1. Д. 150. Л. 109).

В 1846 г. в деревне Малые Чапурники проживало 749 душ. муж и 730 душ жен. пола, в том числе:

православных [русских]  382 муж. и 382 жен.

крещеных татар        145 муж.  и 177 жен.

татар магометан       222 муж.  и 171  жен.

 В 1858 году в с. Малые Чапурники действовали 2 маслогорчичных завода, с годовым оборотом 5315 рублей товар сбывался в Астраханской и Саратовской губернии. 

В 1878 году в селе Малые Чапурники, население крестьяне собственники из бывших государственных всего 174 двора, 575 муж. и 593 жен. В селе татарская мечеть, школа, хлебный магазин, 2 торговые лавки. При селе расположены хутора: Татьянка, Сухой Чапурник (Ф. 32. Оп. 1. Д. 297. Л. 275 об.). Крестьянскому обществу совместно с крестьянами Больших Чапурников принадлежало 19 023 дес. земли, жители содержали 120 лошадей, 1030 голов рогатого скота.

Согласно "Населенным местам Российской империи в 500 и более человек" в селе Чапурники Малые Черноярского уезда Астраханской губернии число наличных душ мужского пола - 846, женского пола - 869, обоего пола - 1715, мусульман -1682 человека.

По сведениям за 1901 г. в с. Малые Чапурники  мелочной торговлей занимались крестьяне Якуп Алькичев, Фахретдин Джашев, Шамбула Шарипов, Шамбула Шарипов; мануфактурно-бакалейной – Усман Ибрагимов.

В 1906 г. в с. Малые Чапурники, Б. Чапурниковской волости, 458 дворов, 1262 муж. и 1211 жен., 4960 дес. удобной и 70 неудобной земли. В селе действовала министерская школа и 6 бакалейных лавок.
В 1906 г. жители содержали 1700 г. крупного рогатого скота, 200 лошадей, 55 верблюдов, 200 овец (Ф. 13. Оп. 1. Д. 54937.).

По состоянию на 1936 год Малые Чапурники являлись центром самостоятельного Мало-Чапурниковского сельсовета. В 1954 году Мало-Чапурниковский сельсовет присоединён к Больше-Чапурниковскому сельсовету.