Данные о дате основания села разнятся. Согласно официальным данным, размещенным на сайте Зензелинского сельсовета, село основано в 1703 году на казенных и калмыцких землях в низменности при ильмене Тюга, по другим сведениям село основано в начале 1790-х гг. татарами-переселенцами из Курченко

Согласно списку населённых мест Астраханской губернии в 1859 году в казенном селе Зензелинском (Джидали) имелись 66 дворов, одна мечеть, проживало 175 душ мужского и 169 женского пола. Согласно опросным листам 1902 года, на этот период времени здесь имелось 30 деревянных и 40 камышитовых дворов, одна мечеть. Вероисповедание было в основном «магометанское», то есть ислам.

После установления советский власти был образован Зензелинский сельский совет.

Постановлением Президиума ВЦИК 9 мая 1927 года Зензелинский сельский совет Икрянинского района Астраханской губернии в целях преодоления чересполосицы был передан в состав Яндыко-Мочажного улуса Калмыцкой автономной области. С 1935 года - в составе Долбанского улуса Калмыцкой АССР.

Существенные изменения в национальном составе села произошли в годы Великой Отечественной войны, когда мимо села пролегла линия железной дороги Кизляр — Астрахань, появилась станция. Появилось немало приезжих: русских, украинцев, латышей, евреев. Переселялись сюда сельчане из Михайловки, Караванного. Стала действовать машинно-животноводческая станция, появились другие организации.

28 декабря 1943 года было депортировано калмыцкое население, проживавшее в окрестных сёлах. В 1944 году после ликвидации Калмыцкой АССР село Зензели, как и другие населённые пункты Долбанского улуса, было включено в состав Астраханской области.

В 1956 году после отмены ограничений по передвижению в район стали возвращаться калмыки[8]. Поскольку к этому времени бывшие калмыцкие сёла уже исчезли, возвратившиеся калмыки осели в Зензелях, основав так называемые места компактного проживания. Так появился в селе, наряду с уже существовавшими татарским, калмыцкий поселок. А городок железнодорожников позднее расширился и стал русским микрорайоном. Впрочем, это разделение довольно условно. В калмыцком живут вперемежку и русские, и даргинцы, в русском — также чередование. И лишь в татарском соблюдается относительная однородность.

Административное подчинение села изменялось. Первоначально оно входило в состав Яндыковского (впоседствии Яндыко-Мочажного) улуса Калмыцкой степи Астраханской губернии, затем с 1920 года последовательно входило в состав Яндыко-Мочажного, Приморского, Долбанского улусов Калмыцкой автономной области, Калмыцкой АССР. В 1943 году в связи с депортацией калмыков и упразднением Калмыцкой АССР было передано Астраханской области.